伊斯蘭思想史上一個不容回避的課題，是如何界定學術界習慣上稱之為“伊斯蘭哲學”的那一思想體系。

關於“伊斯蘭哲學”的性質和定位方面，古今的學者們眾說紛紜，頗有分歧。部分近代穆斯林學者，以及大部分歐洲學者否認伊斯蘭哲學有任何獨創和建樹，他們明確表示，伊斯蘭哲學便是以“伊斯蘭哲學家”著稱的肯迪、法拉比、伊本•西那、伊本•巴哲、伊本•圖費裡、伊本•魯世德等人的哲學。他們通過比較研究，努力闡明“伊斯蘭哲學”與希臘哲學毫無二致。

另有一些學者則努力證明，穆斯林哲學家在涉足希臘哲學時不乏自己的原有思想和獨創見解。這兩類學者其實大同小異，都把伊斯蘭哲學限定在一個範圍之內，這就是希臘模式的伊斯蘭哲學，或逍遙派哲學。

二十世紀四十年代，埃及開羅大學教授、著名學者穆斯塔法•阿布杜•拉紮格提出一種與前人完全不同的看法：應當從接觸希臘哲學之前的穆斯林思想本身去尋找伊斯蘭哲學，即從凱拉姆學和法源學去挖掘伊斯蘭哲學，那才是表述伊斯蘭文化根本特徵的思想。而肯迪、法拉比、伊本•西那、伊本•魯世德等人儘管不乏自己的一些獨立見解，但幾乎是希臘哲學的詮釋者。 這一觀點與我國學術界已出版的有關伊斯蘭哲學著作中的觀點大相徑庭。

希臘哲學經由“翻譯運動”等途徑傳到穆斯林世界後，其中的神學思想對一些穆斯林學者產生了明顯的影響。這些神學思想可追溯到柏拉圖和亞里斯多德，或作為希臘哲學、猶太教和東方原始靈知派混合體的新柏拉圖主義。

法拉比、伊本•西那、伊本•魯世德等“伊斯蘭哲學家”幾近全盤接受了這一神學哲學，以為它是完美的理性哲學，是“人類思想的巔峰”。當他們發現古蘭經和聖訓中的伊斯蘭信仰原則與那些希臘哲學觀點有衝突時，就不遺餘力地去作解釋，力求伊斯蘭的經典明文與希臘哲學保持一致。

如果這些哲學家客觀、冷靜地對待希臘哲學，就會從伊斯蘭思想的平衡、適中特點出發，首先去掌握伊斯蘭經典中的許多斷然證據，然後去面對希臘的哲學遺產，以便認知在多大程度上希臘哲學與伊斯蘭信仰一致或對立。

但他們沒有這樣做，沒有把他們的智慧用於獨立的思考、縝密的研究，而是把希臘哲學中的流溢說、物質無始說、上帝本體上而非時間上無始等學說當成理性、邏輯和智慧的頂點。殊不知那些觀點出自可對可錯的凡人，是特定歷史階段的產物，摻雜了唯物論、多神論和思想迷茫的許多成分，只憑理性去越位涉足真主的本體和理性鞭長莫及的領域。然而，無奈的、需求的有限者怎能去洞悉全能的、無求的無限者呢？作為可見世界探索工具的理性，怎能去涉足不屬理性探索範圍的未見領域呢？

這當然不是說這些哲學家只是譯介者和輸送者而毫無建樹，或他們不值得稱為“哲學家”，但是，他們為希臘逍遙派哲學所左右，試圖把它的一些主張和純理性武斷與自己的伊斯蘭信仰加以調和，其結果是，他們讓古蘭經和聖訓中的明確信仰內容去附和那些哲學主張，而不是努力用自己的理性成果去糾正那些哲學的錯誤、去填補它們的欠缺。

他們沒有認識到那些哲學主張的始作俑者是和他們一樣的哲學家，自己有權利對他們的思想和學說予以審視、分析、反對和糾錯；他們似乎忘卻了自己是穆斯林學者，自己信奉的古蘭經真理基於天性的顯見的理性證據，而那些希臘哲學家的主張則基於離不開人性弱點的人的臆測和遐想。

埃及伊斯蘭思想家穆罕默德•白希指出，穆斯林在希臘神學領域的哲學活動限於調和希臘哲學觀點和伊斯蘭教義，這種作法，既無益于作為天啟宗教的伊斯蘭，也妨礙人們自由去認識希臘思想的實質。

之所以無益于作為天啟宗教的伊斯蘭，是因為用希臘哲學的方式去解釋有關真主的信仰，或把希臘思想引入這種信仰，試圖把兩者融為一體，只能使這種信仰複雜化，使哲學化了的信仰僅限於一個特殊的智識階層——他們專門鍛煉自己的智商，去理解那些神學哲學問題和中世紀的那些難題。這種調和之所以妨礙人們正確理解希臘思想的實質，是因為它的調和方式賦予希臘思想一種宗教色彩，給它罩上一層神聖的光環，阻止人們去批評它，認清它的本來面目，同時給它附加了其他一些宗教成分，以至魚目混珠，真假難辨。

凱拉姆學家，包括莫爾太齊賴派、艾什爾裡派中的思想家們十分清楚這一哲學與伊斯蘭信仰之間的巨大鴻溝，於是全力去反擊這一思想對穆斯林的進攻，並把矛頭指向希臘哲學本身。艾什爾裡派的思想家，如巴格拉尼、伊瑪目•哈爾馬因等緊隨艾什爾裡的步伐，與哲學家展開激烈的思想交鋒。後來，安薩里（1058—1111）在三個問題中判斷這些哲學家犯了“悖信”罪（Kufr），將這一思想交鋒推向高潮。

但是，伊本•西那（980—1037）、伊本•魯世德（1126—1198）等“伊斯蘭哲學家”如果在信仰價值、哲學領域備受爭議，那麼，這不意味著他們對伊斯蘭思想沒有貢獻。作為理性主義思想家，他們的意義和貢獻或許不在哲學或信仰方面，而在於自然科學方面。如果他們的哲學思想已成為歷史的煙雲，那麼，他們在自然科學方面的貢獻和影響卻永垂青史。

東西方學者都承認，伊本•西那、伊本•魯世德是同時代西方所沒有的科學天才。伊本•西那的醫學著作《醫典》（al Ganoon fi tibb）傳入歐洲，作為那裡權威性的醫學經典達五百年之久。用奧斯勒博士的話來說，這部書“被當作醫學聖經的時間比其他任何著作都要長。” 伊本•魯世德的《醫學通則》（al Klliyat fi al Tibb）傳入西方後壓過了蓋倫的影響，他的理性主義則在西方形成阿威羅伊主義(Averroism) ，對基督教經院哲學形成衝擊，導致後來馬丁•路德的“宗教改革”。